一、什么是Reactome通路分析
Reactome是一个生物信息学数据库，致力于提供人类生物过程的开放性注释资源。它囊括了大量的信号转导、代谢途径、基因表达、蛋白质互作等方面的人类生物学路径图，是生物信息学领域应用最广泛的生物条目库之一。
Reactome也提供了广泛的Web服务和工具，其中之一是ReactomeFIViz，可以用于可视化Reactome通路分析结果。Reactome通路分析通常可用于研究基因调控、代谢物途径、生长信号通路等方面的研究。
二、Reactome通路分析的基本流程
1. 数据准备: 进行Reactome通路分析首先需要准备基因和相应的表达数据。基因可以是多个，如果表达数据不在可视化之外，则需要将其分组。
2. 数据分析：使用Reactome功能注释分析基因集合，查找通路富集信息。绘制通路模型并找到轴向分子，并进一步对模型进行注释。在Reactome数据库中可以找到生命科学中复杂的路径网络并富集于通路分析中。
3. 数据可视化: 使用ReactomeFIViz 将Reactome数据库中的通路模型及其注释信息可视化，以便丰富通路分析结果。ReactomeFIViz是利用Cytoscape生物信息软件解决了可视化问题的，它准确、美丽地呈现路径网络，可以对路线上的所有分子进行注释，还可对结果进行统计分析。
三、Reactome通路分析的应用
Reactome通路分析可用于研究各种生物学领域，如基因调控、代谢物途径、生长信号通路、癌症研究、遗传工程和新药筛选等。
例如，科学家可以使用Reactome通路分析来分析已知肿瘤抑制剂和促癌物质的生物学通路。这有助于加深对肿瘤形成机制的理解，有助于设计更有效的治疗方法。
四、代码示例
1. 使用Reactome功能注释分析基因集合
const {findEntitiesForGeneSet} = require('reactome-pathway-analysis');
const geneList = ['EGFR', 'BRAF', 'KRAS']; // 基因列表
const organism = 'Homo sapiens'; // 生物类群
const foundEntities = await findEntitiesForGeneSet(geneList, organism);
console.log(foundEntities);
2. 使用ReactomeFIViz可视化Reactome数据库中的通路模型及其注释信息
import {NetworkAdapter} from 'reactome-network-visualizer';
const adapter = new NetworkAdapter(FIViz); // FIViz是reactome-fiviz库的一个实例
const networkDrawer = new NetworkDrawer(container, adapter); // container指可视化的DOM节点
const diagramFactor = 1.5;
const layoutFactor = 1.5;
networkDrawer.diagramFactory = new DiagramFactory(diagramFactor);
networkDrawer.layoutFactory = new LayoutFactory(layoutFactor);
const analysisResult = YOUR_ANALYSIS_RESULT; // your analysis results
const identifier = 'REACT_0002181'; // Or whatever pathway identifier
const diagram = await adapter.getDiagramForPathway(identifier);
const nodes = await adapter.getDiagramNodesForPathway(identifier);
const model = new DiagramModel(diagram, nodes);
const highlightedNodes = analysisResult.getNodes()
.map(nodeIdentifier => nodes.find(node => node.stId === nodeIdentifier))
.filter(node => node);
networkDrawer.setModel(model, highlightedNodes);
