一、ArrayExpress简介
ArrayExpress是一个功能强大的基因表达数据分析平台，对于生物医学研究有着至关重要的地位。它由欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）创建并维护，旨在促进基因表达数据的存储、共享和分析。当前，ArrayExpress中拥有超过两千万个原始基因表达数据点，涵盖了多种物种、实验设计和技术平台，被广泛应用于基因功能研究、系统生物学分析、生物标志物研究以及药物开发等领域。
二、ArrayExpress的功能点
1、数据搜索和浏览功能：
ArrayExpress 提供了多种查询和浏览数据的方式。用户可以通过关键词或者元数据的筛选和过滤功能查找感兴趣的数据。同时，ArrayExpress还支持基于图谱的数据可视化和交互式分析，比如基因表达谱聚类、差异表达分析、重叠图等。此外，它还提供了手动或自动化的数据注释、标准化以及质量控制功能，以确保数据的一致性和可靠性。
<form action="/arrayexpress/search.html" method="get">
<label for="q">Search:</label>
<input type="text" id="q" name="query">
<input type="submit" value="Search">
</form>
2、数据上传和共享功能：
ArrayExpress 提供了多种数据上传和共享方式，包括 FTP、Web 和 RESTful API 等。用户可以将自己的数据上传到 ArrayExpress 并设置数据的访问权限，实现数据的共享和共同分析。同时，ArrayExpress 还支持多种数据格式和标准，比如 MAGE-TAB、MINSEQE 和 ISA-TAB 等，以方便数据的统一管理和标准化。
ftp -i arrayexpress.ebi.ac.uk
cd pub
mkdir my_data
cd my_data
put my_data.txt
3、数据分析和挖掘功能：
ArrayExpress 提供了多种数据分析和挖掘工具，包括 R/Bioconductor、Galaxy、Python 和 MATLAB 等积极被广大用户所采用的分析工具。此外，它还提供了多种高级分析方法和算法，比如基因网络分析、功能富集分析和通路分析等，以帮助用户深入解析和探索数据的生物学意义。
library(limma)
design <- model.matrix(~0 + factor(conditions))
colnames(design) <- levels(factor(conditions))
fit <- lmFit(exprs,design)
contrast.matrix <- makeContrasts("Treat-Control",levels=design)
fit2 <- contrasts.fit(fit,contrast.matrix)
fit2 <- eBayes(fit2)
delta <- 0.2
topTable(fit2,coef=1,number=Inf,adjust="fdr",
sort.by="B",genelist=NULL,delta=delta)三、ArrayExpress的贡献与应用
1、数据的共享和消除重复实验：
ArrayExpress 作为基因表达数据的共享平台，为全球范围内的研究者提供了便捷的数据存储、搜索和访问渠道，加速生物医学研究的进程。同时，它还可以保证数据的一致性和质量控制，避免了重复实验和浪费资源的现象。
2、数据的标准化和结构化：
ArrayExpress 还支持多种数据标准和格式，如 MAGE-TAB、MINSEQE、ISA-TAB 等，以方便数据的管理和标准化。这有助于协同多个研究小组之间的数据共享和交流，促进了生物医学研究的发展。
3、数据的分析和解释：
ArrayExpress 支持多种高级分析工具和方法，为基因表达数据的深入解析提供了强有力的支持。比如，用户可以利用 ArrayExpress 中的差异表达分析工具，截取差异表达基因，并进行功能富集和通路分析，从而得到更全面、更准确的生物学结论。
通过以上三个方面的贡献与应用可以发现，ArrayExpress 在生物医学研究领域有着非常重要的地位和价值，本着开放、透明、共赢的思想，它对生命科学的发展起到了积极推动的作用。
