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在dos的cmd模式下执行php 已加载的模块都不能使用
这个是因为php的php.ini没有被正确读取到，所产生的模块没有加载的问题，意思是，你的cli模式的php载入是的是一个php.ini，而你的服务器载入的是另外一个php.ini。或者是你机器上的php的cli版本和服务器使用的php的版本不一致等情况，都有可能导致这种情况。
解决方法如下：
1. 同楼上，使用dl来加载模块，不过这种方法某些平台不支持，且效果和同服务器上使用php.ini加载的模块使用起来效果或许会不一致。
2. 在命令行执行php时，使用php --ini命令先行查看php加载的配置文件的地址与服务器上用phpinfo函数查看到的php加载的php.ini文件是否一致。（LZ的这个错误多半是这种情况，后续方法是基于这个检查出文件不一致的）
3. 在命令行执行php时，使用php -c "php.ini文件所在文件夹地址"来运行php文件。
4. 把服务器那个的php.ini拷贝到C:\Windows\目录下。
5. 在命令行里用命令执行set PHPRC="php.ini文件所在文件夹地址"来设置php.ini文件所在文件夹的默认地址
3.4.5的方法效果相同
有关php.ini配置文件的加载的其他问题，请LZ参考这篇博客文章
对于LZ提出的新的问题，我有以下疑问和解决方法：
1. 很有可能你的机器上安装了多个php版本，使用浏览器访问的时候用的php是5.2的，而在命令行里使用的php版本是php 5.3的，这样就不难解释提示配置文件部分设置已失效；
2. 你的wamp中，apache的配置httpd.conf里面通过PHPIniDir设置了PHP模块的php.ini文件的地址，导致实际上两种方式加载的还是不同的文件，即使你把php.ini放到了C:\windows\下；
对于这两种可能情况，最好的解决方法是：
在命令行下php -v查看当前命令行下php版本，写一个php脚本，调用phpinfo函数，查看下浏览器下访问时php的详细环境信息，包括php版本，php的ini地址，php加载的模块等。
如果检查到命令行下是php5.3，而浏览器用的是php5.2，问题可以通过修改PATH环境变量，把PHP5.2的文件夹加到PATH里面，去掉PHP5.3的。
如果检查到PHP的ini文件加载错误，浏览器加载的是apache 配置中 通过 PHPIniDir 配置的ini文件话，把这个ini覆盖C:\Windows\下的即可。
thinkphp5怎么通过系统DOS命令创建模块
目前tp5 在创建模块的时间没有3.0+的的自动创建然后加载。
tp5.0 需要
php think build test
php调用bat文件为什么不打开dos窗口？
没有进行PHP代码的试验，仅提一点：
set path 在批处理命令里，其功用是设置系统环境变量的。
set path=C:\"Program Files (x86)"\FlashDevelop\FlashDevelop.exe
从你的说明来看，我觉得这应该是两行代码，而不是在一行里面。
或者说，如果你只是想执行FlashDevelop.exe这个程序，可以直接用：
"C:\Program Files (x86)\FlashDevelop\FlashDevelop.exe"
