NCBI BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是一个用于搜索生物数据的在线软件。使用BLAST可以比较一个DNA序列或氨基酸序列与一个或多个数据库中的其他序列，以寻找相似性并推测功能，是基因测序领域的重要工具。BLAST由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)维护，目前已成为全球最大的生物信息查询网站之一。
一、基本介绍
BLAST的核心理念是：相似的序列可能有相似的功能。通过比对两个序列，可以测定这两个序列间的相似度，评判它们可能的功能和进化历程，并检测出感兴趣的序列。
NCBI BLAST可搜索不同数据库中的序列，如NCBI核酸库、NCBI蛋白质库、SWISS-PROT、GenBank、PubMed、EMBL等。BLAST可生成多个输出文件，包括原始输出文件、整理过的输出文件、BLAST树（显示序列之间的相似性，已分组）和FASTA树（用FASTA格式显示树形结构）。
BLAST还具有分离式应用软件，如STANDALONE BLAST和REMOTE-WEB BLAST软件。STANDALONE BLAST软件可在本地计算机上安装和运行，而REMOTE-WEB BLAST软件将计算提交到NCBI BLAST服务器上。
二、使用方法
在打开NCBI BLAST网站后，用户可以进入对应的数据库，以FASTA格式粘贴您的序列，完成BLAST分析。
>my_sequence ATGGAGAACGAGATGGTTAAAACCTGTGGAAGAGCTTCAGCTCTGGGACCCCAGGGCTGA AGAGCTCCACGGGCGCAACCTCGTGGGGCTCTGTCCATCCTGCCCTACACCAGCCAGGTT GCATTTAGAGAAGCTACAAGGATGGAAATTTAGAGCTCTTAAGGGAGGTGGTTAAGGAAG ACATTTAGAGAAGAATGCTAGCTGGAGGAAAAAGAGTGTTAGTGTGCAGTGCTGACTTTA AAATAAGGAAAGAGACTTGTCACTTTAAGAGAGAAACATTGTTAGCATGGTCCCTGGCCC AGCAGCCCACAAATGGCAAGAGAAAAGCTGCAGCAAACTAAAGCAGCCTGTACAGCTGGA AGATGCCCATCTATTAAAAAGTCGGCATTAGTCCGGCTTTGAGGCAGCTGCGGTGAAATT TTCCAGCTCTGCTGGTTCCCTGTAACCTGATGGTGATGTTGGTCAACATCTGTGGCGTTG
NCBI BLAST支持BLASTn、BLASTp、BLASTx、tblastn和tblastx五种搜索方式，这些搜索具有不同的搜索功能。用户可以根据搜索目的来选择不同的搜索方式。在选择搜索方式后，用户需要选择数据库，输入序列并设置一些参数，例如融合率、探针长度和搜索比对方式等。最后，点击“提交”按钮，可以等待结果的返回。
三、序列分析实践
以下是一个基于NCBI BLAST的DNA序列分析案例：
生物学家发现一种未知细菌，希望对其进行进一步的研究。在对其进行分离和纯化后，他们获得了关于该细菌的DNA序列。他们将该序列输入NCBI BLAST以比对已知细菌的数据库，以确定该细菌的系统发育、功能以及与其他细菌的相似性。
进入NCBI BLAST主页，他们选择“Nucleotide BLAST”并在基于NCBI中选择“nt/nuccore”数据库。他们将DNA序列复制粘贴到“Search Text Box”中，然后点击“BLAST”按钮。几秒钟后，该算法运行结束，并显示基于输入的DNA序列的比对分析。生物学家可以查看到与输入序列相似的其他大量DNA序列，以及它们的评分和统计数据。通过分析和比对之后，生物学家可以确定该细菌属于一种新的属，同时还可以对其进行系统发育分析和功能分析。
四、总结
NCBI BLAST是生物学研究领域重要的工具，可以帮助我们在大量的生物数据库中快速和准确地寻找相似的DNA和蛋白质序列，以推断它们的功能和进化历程。通过NCBI BLAST，我们可以节省大量时间和精力，加速生物研究的进程。
