本文目录一览：
- 1、生信菜狗，各种软件升级后前一版的包怎么装回来？
- 2、Miniconda使用体验
- 3、生信常见脚本的命令行传参方式--python,R,Perl,Shell
- 4、Perl，R，Python在生物信息学中是怎样的角色？
- 5、【Linux】生物信息软件安装过程
- 6、生信软件BUSCO安装
生信菜狗，各种软件升级后前一版的包怎么装回来？
可以先把现有的都卸载了
然后重装miniconda，因为科学计算的包一般都选conda的比较好，
然后就是不知道你是否熟悉虚拟环境，为了避免每次把你的环境搞乱，创建虚拟环境是最保险的
使用类似这样的命令
conda create -n vname
conda activate vname
Miniconda使用体验
生信入门的第一步就是要学会安装软件，但有些软件的安装和编译比较麻烦，这个时候就会怀念windows系统的方便。
根据生信技能树和菜鸟团里的介绍，linux系统也有这种自动式的安装软件的方式，因此，开始体验使用conda来安装软件。
安装简单，只需要在服务器上运行即可
此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹，并更新下环境变量。
注：如果安装后不想在终端前显示（base）
conda install fastqc(软件名)
which fastqc 查看软件安装位置
conda list 可以查看已安装软件列表，conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本。
星号标记的表示是已经安装的版本。要 安装其他版本 ，输入：
conda install 软件名=版本号
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
如果想要安装列表中的软件，可进入该软件的conda主页，比如cutadapt[ ]
里面会告诉应该使用什么命令~
安装完后的软件在miniconda2文件夹里面的pkgs文件夹下面。
conda config --add channels
查看已经添加的channels
conda config --get channels
conda config --remove channels
conda update conda
conda remove 软件名
source activate 软件名 #把目录添加进环境变量
source deactivate #从环境变量里面 删去
conda info -e
例子：
安装snakemake，snakemake已经整理成Python包，可以直接使用 pip 进行安装，不过需要的Python3的环境，利用 conda 进行安装：
试试 snakemake -h 看看安装成功没有？
但是可能网络会不太好，可能需要多几次进行安装。
参考：
用Miniconda，Bioconda来安装常见的生物信息学软件 | 生信菜鸟团 [ ] ；
。
生信常见脚本的命令行传参方式--python,R,Perl,Shell
getopt
python 也可以使用getopt文件传参
getopt 是很多语言都有的传参函数，不过平时在写Rscript的时候经常用到。
一般而言：
Perl，R，Python在生物信息学中是怎样的角色？
应该说Python/Perl是相互替代的脚本语言，但个人推荐用Python, 虽然很多老的生物信息软件是用Perl,Python学习曲线好，功能也更强大，是发展趋势。这两个语言主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发，系统管理和pipeline搭建等工作。R语言主要的优势是大量的统计包的支持，数据统计分析中非常常用。Python和R有良好的接口。关于绘图很多人用R,其实Python的Matplotlib的绘图效果比它漂亮很多，也更强大。对pipeline的搭建shell编程更适合，是一个不可缺少的技能。与数据库相关的工作需要用到SQL， Linux : 操作系统，是基础。 生物信息对Linux的要求其实并不高，并不是要做系统开发者或管理员，只需要会用就行。复制粘贴、处理数据、安装软件等。生物信息软件：标准数据分析。 生物信息学的数据格式已经基本标准化，大部分工作可以直接用软件完成。Perl和Python：处理个性化问题、软件之间的对接。 这两门语言至少应该熟练掌握一门自己写程序用，另外一门要能看得懂。 写点小脚本感觉差别不大，但是perl写大程序不合适。 很多人认为python是趋势，但至少截止目前更多生信软件是用perl写的。 所以，如果刚开始学，建议主打python, 看懂perl。R ：数据处理、统计、绘图、数据分析。 R语言的数据结构跟其他语言差异较大、而且总感觉语法比较散，不好记。但是R的软件包却异常强大。数据处理的reshape2, dplyr；绘图的ggplot2；还有Bioconductor里的几千个包。不得不会。
【Linux】生物信息软件安装过程
小炒：搜索 “conda cheatsheet”
好处：
添加channel
channel是有顺序的，一般保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放最后。
创建软链接 ,相当于在桌面创建了快捷方式： ln -s
例： ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin
搜索生信软件
-availiable packages
Tips
二进制版本
以 ncbi-blast ,'sra-toolkit','hisat2'为例
预编译版本
以 zlib 为例，samtools依赖的软件。
tree 的安装只需后两步，且最后一步的时候要做修改，记得去看 Read me 。
三部曲解读：
如果没有root权限要解决软件依赖的问题：
修改makefile的变量名
python包软件管理工具
conda 安装deeptools
deeptools在python2下表现更好。
链接：
1.
2.
举两个例子：
参考：
bilibili：zhougengxu
生信软件BUSCO安装
现在得到一个文昌鱼组装基因组。我希望看看它的质量如何，也就是找组装基因组是否包含许多完整基因、以及N50序列是否达标等问题。
我看到网上教程都是自己去搞配置，设置环境变量，但是conda安装难道不香吗？BUSCO官网也给出了conda安装的方法：(最好是重新创造个python=3.8的conda环境）
conda install -y -c bioconda busco=4.1.2 augustus=3.3.3
安装好之后，输入busco
emm这是“biopython”出了问题了啊。然后我到上面提到的那个网址搜了一下，发现果然是conda安装的有问题。
这时，只要把biopython从1.78降到1.77就可以了
命令：conda install -y -c conda-forge biopython=1.77 就可以覆盖安装了，而且神奇的是安装完就可以使用了，输入 busco -h 不会报错。
注：本来想用cegma那个软件，但好像六年前就停止运营了……（bilibili上看的教学视频太久远了）
如果你也遇到了同样的问题，应该会有帮助，不过过一段时间应该就修复这个bug了。
2020 09 15 补充：
这样即使安装上了，也不能使用，会报错。博主又尝试了安装busco 4.0.2的版本，和augustus 3.3.3 版本，发现可以使用。（还是需要biopython = 1.77）
注意这个软件只是看测序质量怎么样，虽然调用了augustus，但是它生成的文件比较乱，想要做从头基因注释，还是再用一次augustus吧！
