您的位置:

多基因风险评分的相关内容

一、多基因风险评分名词解释

多基因风险评分 (Polygenic Risk Score,PRS) 是一种针对复杂疾病的遗传风险预测方法,通过将单个基因分别定量计算后汇总成多基因风险评分。

经过大样本的训练集和验证集加持,多基因风险评分更为准确,也是目前遗传学研究的热点之一。

二、多基因风险评分的原理

先回想一下单基因遗传研究:疾病风险基本孕育在单个变异位点上,这样在人群中发现了这个位点之后,通过筛选这个位点是否与疾病风险相关,可以得到是否携带这个变异位点与罹患疾病的风险之间的关系。

但是,对于复杂疾病,风险基因一般都不是单一基因而是众多基因中的某些特定基因组合,因此多基因风险评分的原理是将这些特定基因组合进行量化计算。

三、多基因风险评分筛选位点

在多基因风险评分中,需要筛选与复杂疾病有关的位点,通常有两种筛选方案:

1. Genome-wide association studies (GWAS)选取携带高风险等位基因的疾病关联点作为评分位点。

2. 进行基因组学注释,遵循功能关键位点、外显子、调控区域等原则进行位点筛选。

四、多基因风险评分流程

多基因风险评分流程主要由以下三步构成:

1. 从原始基因型数据中提取候选基因型标记位点 SNP。

2. 根据候选位点计算每个体的风险得分,即计算方法为每一位点在训练集中所占风险比 ,将其加权求和。得出每个个体的多基因风险。

$$PRSi =\sum_{j=1}^p \beta_j x_{ij}$$

假设$i$为个体,$j$为基因标记位点,$x$为该位点的基因型(例如AG、GG等),$\beta$为回归系数。

3. 根据得分结果进行组间分析,筛选出高、低风险个体,并实施干预。

五、多基因风险评分软件

当前,有许多多基因风险评分的软件可供使用。如:PRSice, PRSice-2, FastPRS等。

其中 PRSice 软件, 是一款处理多基因风险评分的软件,可通过三个步骤(数据整理、风险计算、评估分析)进行分析,输出预测结果。

六、多基因风险评分算法

在算法方面,目前主流的方法为线性和对数线性模型。以线性模型为例,假设:$$y=X\beta+\epsilon$$

其中$y$为疾病发病率,$\beta$为模型中的系数,$X$为基因型,$\epsilon$为残差。

然后,根据样本数据,通过最小二乘方法拟合 $\beta$ 系数,得到每个基因型的贡献值,以求出每个样本的多基因风险得分。

七、多基因风险评分PRS

PRS是PRSS(Polygenic Risk Scoring System)的缩写,是指的是多基因风险评分系统。PRS实际上是一个基于统计学分析的数值,通过对人们的基因组数据进行分析,从而预测一个人患某种疾病的风险。这个数值越高,表明人的患某种疾病的几率就越大。

可以说,PRS是基于遗传学研究的结果得出的复杂疾病个体风险评估结果,而不是基于临床研究结果给出的个体风险。

八、多基因风险评分是什么

多基因风险评分即把众多的基因风险因素按照一定的理论框架和计算规则结合起来,最终得出一个多基因风险评分。这个分数可以反映一个个体的多基因风险,进一步为未来疾病个性化风险防控和干预策略提供数据支持

九、多基因风险评分怎么计算

多基因风险评分的计算采用的是拟合回归模型的方法(如Logistic回归),建立样本的基因型标记与疾病发生的关系模型,从而进行风险评分的计算。

十、多基因风险评分PRS保护因素选取

基于多基因风险评分的相关研究,相信未来还会有更加差异化、更加人性化的筛选方式,同时也可以和生活中其他的保护因素跟进。

理想情况下,PRS计算过后,我们会得到一个相对较高的风险分数,这代表一个个体相对而言更可能患上指定的疾病。针对这个高风险评分,我们可以仔细筛选患病人群中的一些特征,比如他们的生活方式(饮食习惯、运动量等),是否从事危险职业等。同时,对于倾向于遗传风险的疾病,如2型糖尿病、高血压等,我们也可以选择一些保护因素进行跟进,比如心理调节、减轻压力等,从而干预先天遗传因素。