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inchikey - 化学分子的唯一标识符

一、inchikey翻译

inchikey,也称为InChI Key,是化学结构标识符InChI(International Chemical Identifier)的一部分,被设计为一个唯一的、不可混淆的化学分子标识符。

在化学领域,每个分子都具有唯一的标识符,以便能够在各种不同的分子数据库、查询和反应中精确地进行标识和匹配。InChI Key是一个统一的标准,在全球范围内使用,使得实验室,科学家和公司能够快速准确地共享和比较数百万种不同的分子。

二、inchikey是唯一的吗

作为化学分子的唯一标识符,inchikey在一定程度上是唯一的。它由14个字符组成,其中,前面的14位是分子的InChI,后面的8位是摘要,可以通过SHA-256算法生成。尽管inchikey不是完全唯一的,但在大多数情况下可以确保不同的分子具有不同的inchikey。

然而,在一些罕见的情况下,不同的分子可能会生成相同的inchikey。这通常是由于在生成摘要的过程中,SHA-256算法的限制引起的。因此,在使用inchikey时,需要谨慎比较相似的分子。

三、inchikey怎么读

inchikey通常通过在化学领域的技术文章和数据库中提供了一个简单的文本字符串来表示,如下所示:

AAZVTRAKZBAGKN-UHFFFAOYSA-N

其中,InChI是分子的标准标识符,如下所示:

InChI=1S/C10H15N5O5P/c11-8-5-9(13 -2-12- 8) 17 (3-16 (22) 23) 6-4-7 (14 -6) 21-22/ h2-4, 6-7, 14 H, 5, 11H2, 1H3,(H, 22, 23)/ t4-, 6-, 7-/ m1/ s1

inchikey的前14个字符用该InChI的默认表示形式表示,最后的8个字符则是InChI摘要的结果。

四、inchikey是什么意思

inchikey本身不是一个有意义的单词,但它的构成方式代表着其重要性和特殊性质。

首先,inchi代表国际化学标识符(International Chemical Identifier)的简写形式,它是一个非专利的、标准化的化学分子标识符。随着大量的化学信息产生,inchi为化学领域提供了一个通用的、兼容性很好的标识符,让化学家和计算机科学家可以轻松地进行分子信息的交换和研究。

其次,InChI Key中的‘key’代表着唯一标识符的概念。一个唯一标识符可以确保对于每个分子都能够快速、精确地定位和检索到相关信息,而不需要进行复杂的数据库搜索和枚举。

五、inchikey唯一标识符的代码示例

在Python中,使用rdkit模块可以轻松地将化学分子转换为InChI和InChI Key。下面是一个简单的示例,展示如何使用rdkit生成一个化学分子的InChI Key。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import inchi

mol = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
inchikey = inchi.InchiToInchiKey(inchi.MolToInchi(mol))
print(inchikey)

将输出以下结果:

UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N

这就是化学分子Cc1ccccc1的InChI Key。

六、inchikey的应用场景

inchikey及其它化学标识符可以应用于众多化学领域的应用程序中。以下是其中的几个示例:

1. 存储和检索分子信息

通过将化学分子转换为InChI Key形式,可以快速将其存储到分子数据库中,并方便地对其进行检索和查询。这对于大规模分子筛选、 drug discovery、化学反应设计等众多领域都是非常有用的。

2. 分析和比较化学结构

多种化学结构可在界面上便捷地比较、精准区分。可以将不同结构的InChI Key相互比较和匹配,以确定它们是否属于同一种分子。这对于化学结构的识别和分类是非常有帮助的。

3. 构建和可视化化学反应

带着一个分子生成它的生成式和反应路径的方法—transform ,可以实现从输入到输出的所有化合物。这就允许了从化学反应图层到数据存储形式的无缝切换,而不需要人工干预或外部信息。InChI Key提供的快速精确性是确保反应过程中所有化合物唯一的关键,提供了更快捷的生成和可视化化学反应的方法。

七、结论

inchikey代表着化学分子的唯一标识符,它是InChI(International Chemical Identifier)的一部分,用于保证每个分子的唯一性和可检索性。在化学领域,inchikey被广泛应用于分子数据库、反应设计、药物发现等众多领域。通过rdkit和其它化学模块,可以快速地生成和比较inchikey,从而为化学研究和开发提供了有力支持。