深入了解gff文件

一、gff文件注释

1、gff文件注释是指在gff文件中加入针对特定序列特征的描述，这些描述包括基因名称、外显子和内含子注释、启动子和终止子注释等。这些注释信息对于基因组注释和功能分析非常重要。

2、例如，在gff文件中，一个人类基因的注释信息可能是这样的：

chr1 GeneMark.hmm gene 11874 14409 . + . ID=g00001;Name=EDEN
chr1 GeneMark.hmm mRNA 11874 14409 . + . ID=g00001.t01;Parent=g00001;Name=EDEN-201
chr1 GeneMark.hmm exon 11874 12073 . + . ID=g00001.t01.e01;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm exon 12189 12289 . + . ID=g00001.t01.e02;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm exon 13222 14409 . + . ID=g00001.t01.e03;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm CDS 12286 12413 . + 0 ID=g00001.t01.cds;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm CDS 12574 12720 . + 0 ID=g00001.t01.cds;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm CDS 12868 12927 . + 0 ID=g00001.t01.cds;Parent=g00001.t01
chr1 GeneMark.hmm CDS 13068 13220 . + 0 ID=g00001.t01.cds;Parent=g00001.t01

二、gff文件是什么意思？

1、gff文件全称为“General Feature Format”，即通用特征格式，是一种文本文件格式，用于描述生物学序列中的基因、转录本、外显子、内含子以及其他的序列特征。通常，这些特征用于基因组注释、基因识别、序列比对、基因功能预测等应用中。

2、gff文件常用来记录生物序列（比如DNA或RNA）中的各种特征，如基因的位置、转录本的位置、外显子和内含子的位置、启动子和终止子的位置、蛋白质编码区域和非编码区域等。除了描述特征的位置信息之外，gff文件还可以记录特征的名称、作用和参考文献等信息，较为全面地描述了序列中所有的特征信息。

三、gff文件怎么打开？

1、gff文件是一种文本文件格式，可以用任何文本编辑器打开，如Windows自带的Notepad、Notepad++、Sublime Text等编辑器。

四、基因组gff文件

1、基因组gff文件是用于描述整个基因组的gff文件，其中包含了整个基因组的注释信息。这些信息可以用于基于基因组注释的功能分析、序列比对以及基因富集分析等应用中。

2、例如，NCBI GenBank数据库提供了许多种生物体的基因组gff文件，用于支持基因组研究。

3、下载地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sars-cov-2/

五、gff文件格式

1、gff文件格式是非常简单的，每一行记录了一个特定序列特征的信息。gff文件一共有9列，每个字段之间用制表符（\t）分隔。这些字段分别为：

seqid - 序列唯一标识符
source - 特征的来源
type - 特征的类型（如gene、mRNA、exon等）
start - 特征的起始位置
end - 特征的终止位置
score - 特征的得分（如表达水平、置信度等）
strand - 特征的方向（+或-）
phase - 特征的相位（如果没有相位值则填写“.”）
attributes - 特征的其他附加属性

2、其中，attributes字段是一个键值对列表，每个属性由“属性名=属性值”表示，不同属性之间用分号（;）分割。例如，“ID=g00001;Name=EDEN”表示该基因具有“g00001”和“EDEN”两个属性。

六、gff文件基因功能注释

1、gff文件是进行基因注释和功能预测的重要工具。对基因组gff文件进行注释后，可以得到有关生物序列的详细信息，以及关于基因、蛋白质和非编码RNA（ncRNA）等的功能信息。

2、其中，基因注释包括注释基因的位置、外显子和内含子的位置、起始和终止密码子的位置等；而蛋白质注释则包括氨基酸序列、结构域、功能域等信息。这些注释信息对于研究基因功能、分子生物学和医学等领域非常重要。

七、gff文件包含什么数据

1、gff文件包含了生物序列的基因、转录本、外显子、内含子、启动子、终止子等序列特征信息，并记录了这些特征的位置和其他属性。

2、例如，下面是一段基因组gff文件的示例：

##gff-version 3
##sequence-region NC_045512.2 1 29903
##species https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=2697049
NC_045512.2 RefSeq region 1 29903 . + . ID=NC_045512.2:1..29903;Dbxref=taxon:2697049;Name=SARS-CoV-2
NC_045512.2 RefSeq gene 266-21555 . + . ID=gene-ORF1ab;Name=ORF1ab;Note=Polyprotein%20gene;Dbxref=GeneID:43740578;gbkey=Gene;gene=ORF1ab
NC_045512.2 RefSeq CDS 266-13483 . + 0 ID=cds-YP_009725297.1;Parent=gene-ORF1ab;Dbxref=Genbank:YP_009725297.1,GeneID:43740578;Name=YP_009725297.1;Note=REP%20polyprotein

上面的示例展示了新冠病毒的基因组gff文件的部分内容，其中包括了序列的基本信息如版本、物种、序列范围等，以及基因、CDS等注释信息。

八、gff文件在哪下载？

1、gff文件可以从许多生物信息学数据库中下载，如NCBI、ENSEMBL、UCSC等。

2、例如，NCBI提供了大量生物体的gff文件下载服务，可以在其网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）中搜索并下载感兴趣的gff文件。

九、gff文件用什么打开？

1、gff文件是文本文件格式，可以用任何文本编辑器打开，比如Windows自带的Notepad、Notepad++、Sublime Text等编辑器。

2、同时，也可以使用一些专门的生物信息学工具处理gff文件，如BEDTools、GFFTools、IGV等。这些软件能够帮助用户高效地处理、分析和可视化gff文件中的信息。