HMMER安装教程

1、下载HMMER压缩包

wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz

2、解压HMMER压缩包

tar xzf hmmer.tar.gz
cd hmmer-3.3.2/

3、配置，编译和安装HMMER

./configure && make && make check && sudo make install

HMMER怎么安装

在安装HMMER之前，请确保已经正确安装好了gcc和g++编译环境，并且安装了zlib库。否则，将无法编译HMMER。

安装hmscore

1、下载并解压缩hmscore压缩包

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hmmer/releases/HMIS2/hmscore-3.0.tar.gz
tar xzf hmscore-3.0.tar.gz
cd hmscore-3.0/

2、安装pcre2库

sudo apt-get install libpcre2-dev

3、配置，编译和安装hmscore

./configure && make && sudo make install

HMMER和hmscore的使用示例

1、在命令终端中检查HMMER是否正确安装

hmmscan -h

2、在命令终端中检查hmscore是否正确安装

hmscore -h

3、使用HMMER和hmscore进行蛋白质序列分析 以分析真核生物序列为例： a. 下载Pfam数据库

wget http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam32.0/Pfam-A.hmm.gz
gunzip Pfam-A.hmm.gz

b. 使用HMMER扫描蛋白质序列

hmmscan --cpu 4 Pfam-A.hmm protein.fasta > protein.out

c. 使用hmscore计算蛋白质结构模型的准确度

hmscore protein.pdb protein.out