一、bcftools SNP
bcftools是一个非常强大的基因组变异分析工具，可用于分析单个核苷酸变异（SNP）和结构变异（INDEL）。在bcftools中，使用 "call" 命令检测多个样本的单核苷酸变异，并使用 "filter" 命令过滤变异，以识别与疾病相关的变异。
以下是基本使用bcftools进行单核苷酸变异检测的示例命令：
bcftools mpileup -Ou -f /path/to/reference.fa /path/to/input.bam | bcftools call -vmO z -o output.vcf.gz
在上述命令中，mpileup命令从参考序列中开始，将输入BAM文件中的每个样本比对到参考序列上，生成BAM文件。然后bcftools call用于检测单个核苷酸变异，并根据Phred质量分数进行过滤，最后将结果输出为vcf文件。
在上述命令中，给出的参数含义如下：
二、bcftools mpileup
bcftools mpileup也是一款很常用的工具，它可以对多个样本同时进行比对。下面是一个示例命令：
bcftools mpileup -Ou -f /path/to/reference.fa /path/to/input1.bam /path/to/input2.bam | bcftools call -vmO z -o output.vcf.gz
在上面的代码中，我们通过mpileup将参考基因组 和 输入文件输入，mpileup命令将每个输入文件的数据与参考序列一起处理并产生一个输出文件。输出文件可以直接在后续的分析中使用以确定SNP变异结果。mpileup通过使用samtools中的序列比对算法进行比对，因此它输入的文件必须是经过序列比对后的BAM文件格式。
三、bcftools安装
bcftools可以在Linux、OSX、Windows等平台上运行。以下是在Linux上安装bcftools的示例命令：
sudo apt-get update sudo apt-get install bcftools
当然，我们也可以使用源代码安装：
git clone git://github.com/samtools/bcftools.git cd bcftools make
四、bcftools view
bcftools view命令可用于转换、压缩和过滤vcf和bcf文件，并且是解析VCF文件的主要工具之一。下面是一个示例命令：
bcftools view -i '%QUAL>=50' input.vcf.gz -Ov -o output.vcf
在上述命令中，view命令使用-i参数指定QUAL>=50的基因型质量分数。然后输入command指定输入文件为input.vcf.gz，输出文件为output.vcf。在第二个命令中，使用 -Ov参数将结果输出为vcf文件，而-o参数指定输出文件的文件名。
五、bcftools合并vcf
bcftools merge 命令可以将多个vcf文件合并为一个vcf文件。以下命令合并了两个vcf文件：
bcftools merge in1.vcf.gz in2.vcf.gz -Oz -o merged.vcf.gz
在上述命令中，我们首先列出要合并的VCF文件，然后指定 -Oz参数将输出压缩为bgzf格式。
六、bcftools call SNP
bcftools call命令用于检测SNP，并生成vcf结果文件，该命令具有多种用途。下面给出的是一个示例命令：
bcftools call -mv -Oz -o output.vcf.gz input.bcf
在上述命令中，我们将使用 call 命令检测SNP变异，并使用 -m 参数启用多态性的输出。经过处理后，bcftools将结果输出为vcf文件。
七、bcftools merge
bcftools merge命令可以用于合并多个bcf/vcf文件，或可以将多个文件合并为一个单独的bcf/vcf文件以进行进一步的分析。以下是示例命令：
bcftools merge -o merged.bcf in1.vcf.gz in2.vcf.gz
在上述命令中，我们指定了要合并的文件名，然后指定了输出文件的文件名。
八、总结
bcftools是一个非常强大的基因组变异分析工具，提供了多种实用功能，包括 SNP、 INDEL、检测和过滤验证、合并文件和调用 SNP。它是基因组分析工作中的不可或缺的工具之一。
