RNA-Seq测序详解

一、RNA-Seq测序步骤

RNA-Seq是一种用于测定转录组中RNA分子存在的方法。RNA-Seq测序步骤一般包括以下几个步骤：

1、RNA提取

从细胞或组织中提取总RNA或多聚A RNA。

   RNA提取代码示例：
      from Bio import SeqIO
      import gzip
      with gzip.open("reads.fq.gz", "rt") as handle:
        for record in SeqIO.parse(handle, "fastq"):
          print(record.id)

2、RNA清洁和选择

通过全长或特异性PCR选择RNA的特定部分，例如mRNA，ncRNA和lncRNA等。

   RNA清洁和选择代码示例：
      from HTSeq import GenomicArray
      import pysam
      alignment = pysam.AlignmentFile("accepted_hits.bam", "rb")
      unique_read_positions = GenomicArray("auto", stranded=False, typecode="i")
      for almnt in alignment:
        if almnt.is_unmapped:
          continue
        unique_read_positions[almnt.reference_name, almnt.reference_start] += 1

3、文库构建和测序

通过RNA逆转录得到cDNA，然后构建和测序文库。

   文库构建和测序代码示例：
      import re
      import pysam
      alignment = pysam.AlignmentFile("accepted_hits.bam", "rb")
      for almnt in alignment:
        m = re.search("NM:i:(\d+)", almnt.get_tag("MD"))
        if m:
          num_mismatches = int(m.group(1))

二、RNA-Seq测序结果分析

RNA-Seq的结果分析涉及以下主要方面：

三、RNA-Seq测序的目的

RNA-Seq的主要目的是研究转录组中RNA的表达和调节。通过对RNA- Seq测序数据进行分析，可以用于以下几个方面：

四、如何确定RNA-Seq的测序深度

确定RNA-Seq的测序深度是一个非常重要的问题，过高或过低的测序深度都会对结果产生影响。一般可以通过以下几个方面来确定RNA-Seq的测序深度：

五、转录组测序和RNA-Seq的区别

转录组测序和RNA-Seq都是常用的研究转录组的方法，但两者之间有一些区别。主要区别如下：