cytoscape安装教程详解

在生物信息学和计算机科学领域常常需要进行网络分析和可视化，cytoscape是一款开源的网络分析和可视化工具，它提供了强大的数据批量处理功能、复杂网络数据可视化、网络分析等功能，是研究网络生物学的利器。以下是cytoscape安装教程的详解。

一、下载与安装

cytoscape最新版本下载地址为 https://cytoscape.org/download.html，其中有三个平台的安装文件：Windows、Mac、Linux。下面以Windows系统为例进行演示。

下载cytoscape安装文件 首先，打开cytoscape官方下载链接 https://cytoscape.org/download.html，进入Download中Windows界面。在此处我们选择 cytoscape-3.9.0-windows.exe 下载，cytoscape-版本号-windows.exe 是为Windows电脑准备的安装程序。文件名的版本号可能有所不同，下载选项取决于当前最新版本。
双击安装文件 双击 cytoscape-3.9.0-windows.exe 安装包进行安装。安装过程中，用户需要确认插件的安装方式，是否把cytoscape作为默认工具进行网络文件的打开，通常使用默认选项即可。
运行cytoscape cytoscape软件安装完成后，可以在开始菜单中找到cytoscape快捷方式并单击运行，在Windows 10中它可能出现在开始菜单的“常用”选项中。

二、插件安装

选择插件文档 在cytoscape界面中有一个“apps”分类，我们可以在其中管理和安装插件。
筛选分类和查找插件 可以使用搜索框并输入要下载的插件名称进行搜索，搜索结果显示在窗口下方，如图所示。
安装插件 选择想要安装的插件，然后单击“install”按钮，插件将被下载和安装。

三、导入数据

Jupyter Notebook 您可以通过使用官方提供的python库 cyjupyter 和 py2cytoscape 插件将Jupyter Notebook文件导入cytoscape。以下是安装方法：
```
# 安装cyjupyter
!pip install cyjupyter
# 安装py2cytoscape
!pip install py2cytoscape
```

文本文件导入 cytoscape支持导入各种文件格式，如edge list文件、adjacency matrix文件等。以下是示例代码：

# 导入edge list文件
from py2cytoscape.data.cyrest_client import CyRestClient
cy = CyRestClient()
file_location = 'edge_list.txt'
file_format = 'edge_list'
collection_name = 'My Edge List Collection'
cy.networks.create_from(file_location, file_format, collection_name)

四、数据可视化与分析

网络展示布局 cytoscape提供了多种布局模式，如圆形、自然、无向树等，通过分布网络节点在cytoscape中的位置，可使网络具有更好的可视化效果。可以通过以下代码应用“高斯布局”：
```
# 在当前网络应用布局
current_network = cy.network.get_current()
current_network.layout.apply(name='degree-circle')
```
节点标签 标记节点是cytoscape中的一个常见操作，节点标签可以是节点的名称、ID，也可以是节点某些属性的数值。可以通过以下代码添加节点标签：
```
# 添加节点标签
node_suid = cy.network.get_node_suid(network=current_network, node_name='node_name')
cy.network.set_node_property(node_suid, 'label', 'node_name')
```
网络查找 cytoscape支持全局和局部网络搜索，用户可以根据自己的需求搜索网络中的节点和边缘。以下是使用搜索框搜索节点名为“CDKN1A”的例子：

五、总结

本文详细介绍了cytoscape的安装步骤，插件安装、数据导入和网络可视化与分析。自此，您已经可以使用cytoscape进行基本的网络分析和可视化。不过，cytoscape功能强大，您可以通过进一步的学习和实践深入了解其更多细节。