一、下载与安装
cytoscape最新版本下载地址为https://cytoscape.org/download.html,其中有三个平台的安装文件:Windows、Mac、Linux。下面以Windows系统为例进行演示。1、下载cytoscape安装文件
<p>首先,打开cytoscape官方下载链接https://cytoscape.org/download.html,进入Download中Windows界面。</p>
在此处我们选择cytoscape-3.9.0-windows.exe下载,cytoscape-版本号-windows.exe是为Windows电脑准备的安装程序。文件名的版本号可能有所不同,下载选项取决于当前最新版本。
2、双击安装文件
<p>双击cytoscape-3.9.0-windows.exe安装包进行安装。安装过程中,用户需要确认插件的安装方式,是否把cytoscape作为默认工具进行网络文件的打开,通常使用默认选项即可。</p>
3、运行cytoscape
<p>cytoscape软件安装完成后,可以在开始菜单中找到cytoscape快捷方式并单击运行,在Windows 10中它可能出现在开始菜单的“常用”选项中。</p>
二、插件安装
1、选择插件文档
<p>在cytoscape界面中有一个“apps”分类,我们可以在其中管理和安装插件。</p>
2、筛选分类和查找插件
<p>可以使用搜索框并输入要下载的插件名称进行搜索,搜索结果显示在窗口下方,如图所示。</p>
3、安装插件
<p>选择想要安装的插件,然后单击“install”按钮,插件将被下载和安装。</p>
三、导入数据
1、Jupyter Notebook
<p>您可以通过使用官方提供的python库cyjupyter和py2cytoscape插件将Jupyter Notebook文件导入cytoscape。以下是安装方法:</p>
# 安装cyjupyter
!pip install cyjupyter
# 安装py2cytoscape
!pip install py2cytoscape
2、文本文件导入
<p>cytoscape支持导入各种文件格式,如edge list文件、adjacency matrix文件等。以下是事例代码:</p>
# 导入edge list文件
from py2cytoscape.data.cyrest_client import CyRestClient
cy = CyRestClient()
file_location = 'edge_list.txt'
file_format = 'edge_list'
collection_name = 'My Edge List Collection'
cy.networks.create_from(file_location, file_format, collection_name)
四、数据可视化与分析
1、网络展示布局
<p>cytoscape提供了多种布局模式,如圆形、自然、无向树等,通过分布网络节点在cytoscape中的位置,可使网络具有更好的可视化效果。可以通过以下代码应用“高斯布局”:</p>
# 在当前网络应用布局
current_network = cy.network.get_current()
current_network.layout.apply(name='degree-circle')
2、节点标签
<p>标记节点是cytoscape中的一个常见操作,节点标签可以是节点的名称、ID,也可以是节点某些属性的数值。可以通过以下代码添加节点标签:</p>
# 添加节点标签
node_suid = cy.network.get_node_suid(network=current_network, node_name='node_name')
cy.network.set_node_property(node_suid, 'label', 'node_name')
3、网络查找
<p>cytoscape支持全局和局部网络搜索,用户可以根据自己的需求搜索网络中的节点和边缘。以下是使用搜索框搜索节点名为“CDKN1A”的例子:</p>