一、hisat2是什么？
hisat2是一种比对次世代RNA测序（RNA-seq）数据的快速而准确的工具。它经常被用于转录组分析，特别是在将测序数据比对到参考基因组时。
它使用了两种不同的索引技术：外部BWT和内部哈希。这些技术使其比其他比对工具更快地进行比对，并且增加了对近缘种的比对准确性。
hisat2已成为生物学家和生物信息学家中常用的工具之一，因为它可以处理各种RNA-seq数据，包括从全体组和局部组的各种物种中获得的数据。
二、如何使用hisat2？
在使用hisat2之前，需要执行以下步骤：
1. 安装hisat2。可以在 https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml 上下载。
2. 准备参考基因组。可以使用NCBI、Ensembl或自己的组装数据。一般来说，需要将基因组序列和注释文件合并，然后构建索引。
3. 准备测序数据。他的输入可以是fastq文件，也可以是SAM或BAM文件。
代码示例：# 比对RNA-seq数据 hisat2 -x /path/to/reference_index -1 read1.fq -2 read2.fq -S aligned.sam
这里，-x选项指定参考基因组索引的位置（之前必须构建），-1和-2选项分别指定第一对和第二对快速q文件。-S选项指定输出文件的名称（在这种情况下，比对后的SAM文件）。
三、为什么要使用hisat2？
相较于其他比对工具，hisat2有几个优点：
1. 更快的比对速度：由于使用外部BWT和内部哈希技术，hisat2比其他比对工具更快，适用于比对大样本。
2. 更高的准确性：hisat2使用多种技术，如局部比对和比对过滤，以获得比其他工具更高的比对准确性。
3. 支持多种RNA-seq数据：hisat2可以处理各种RNA-seq数据，包括全体组和局部组的各种物种中获得的数据。
4. 更好的适应性：hisat2使用可配置的参数来适应不同的数据和不同的研究问题。
四、hisat2的限制是什么？
尽管hisat2是一种强大的比对工具，但也有一些限制：
1. 对于较高的比对要求，比对时间会增加。
2. 如果参考基因组缺乏注释信息，则使用hisat2比对将受到影响。
3. hisat2的比对结果需要进一步处理，例如，使用Cufflinks或StringTie软件进行转录本重构。
五、结论
hisat2是RNA-seq数据分析中比对参考基因组的有力工具之一。它具有高效率、高精度、适应性强等多种优点，能够满足不同研究的需求。但是，我们也需要注意他的限制，使用合适的参数对比对结果加以处理。
