一、ggboxplot概述
ggboxplot是R中的一种图形，它是由ggplot2包中的boxplot与ggpubr包中的StatBoxplot函数共同实现的。ggboxplot的主要作用是对数据进行离群值（outliers）分析和数据可视化，而且具有更大的灵活性和美观度。ggboxplot在R语言中是非常常用的图形，它可以在数据可视化中对于分组数据和多元数据有很好的表现表述。
ggboxplot的实现过程中，boxplot函数给出了基本的箱线图功能，而ggpubr包的StatBoxplot函数可以对箱线图的坐标轴和填充颜色进一步进行个性化设置，并允许用户添加更多的统计信息
二、ggboxplot应用场景
ggboxplot主要用于展示因变量$Y$和自变量$X$的关系，绘制不同分组或分类下$Y$的分布情况，并且可以更加美观地呈现数据。
ggboxplot通常可以用于以下几个场景：
1、当有两个或更多的不同因素$X$，且我们要比较他们与因变量$Y$的关系时，通常可以使用ggboxplot；
2、当要进行离群值分析，识别异常点时，ggboxplot也是一个有力的工具；
3、作为探索性数据分析（EDA）的一种手段，可以用ggboxplot展示出每个变量的基本情况，相对位置和数据离散程度。
三、ggboxplot基本语法
ggboxplot基本语法如下：
# 导入插件包 library(ggplot2) library(ggpubr) # ggboxplot基础 ggboxplot(data, x, y, color, ylab = "y-label", xlab = "x-label", main = "Main Title")
其中，data为数据集；x为自变量列名；y为因变量列名；color为分组依据的列名。其他参数如ylab、xlab和main则是对图形基础信息的设置。
四、ggboxplot实例
1、基础ggboxplot示例
下面的示例展示了如何使用ggboxplot绘制基础箱线图：
# 导入插件包
library(ggplot2)
library(ggpubr)
# 数据准备
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth
# 基础ggboxplot
ggboxplot(df, x = "dose", y = "len",
color = "dose", # 分组变量
ylab = "Length of ToothGrowth", xlab = "Dose",
main = "Test ggboxplot") + # 箱线图基础信息
ggtitle("Box plot of tooth length by dose") + # 图形标题
theme_classic(base_size = 14) # 图形样式
执行上述代码后，可以获得如下的箱线图结果：
2、添加显著性标记
在R中，除了提供常规性描述性统计量之外，我们还可以计算一些高阶统计量，例如均值（mean）、标准差（SD）和P值（p-values）等。ggboxplot可以通过向统计图形中添加统计标记来直观呈现这些信息。下面的示例展示了如何在ggboxplot中添加显著性标记：
# 添加显著性标记
ggboxplot(df, x = "dose", y = "len",
color = "dose", # 分组变量
ylab = "Length of ToothGrowth", xlab = "Dose",
main = "Test ggboxplot") + # 箱线图基础信息
stat_compare_means(aes(group = dose), method = "t.test") + # 添加显著性标记
ggtitle("Box plot of tooth length by dose") + # 图形标题
theme_classic(base_size = 14) # 图形样式
执行上述代码后，可以获得如下的箱线图结果：
3、调整箱线图风格
ggboxplot提供了多种箱线图风格设置，可以通过一些可选的参数对箱线图进行基本的样式定制。下面的示例展示了如何通过参数对ggboxplot中的箱线图风格进行设置：
# 调整箱线图风格
ggboxplot(df, x = "dose", y = "len",
color = "dose",
ylab = "Length of ToothGrowth", xlab = "Dose",
outlier.shape = 16, # 异常点样式
outlier.size = 3, # 异常点大小
boxsize = 0.3, # 箱子大小
legend = "top",
ggtheme = theme_gray(),
notch = TRUE, # 中位数标记
notch.lineWidth = 1.2, # 中位数线条宽度
notch.fill = "blue", # 中位数填充颜色
mean.symbol = 'square', # 均值标记
mean.color = 'black', # 均值颜色
mean.size = 3,
mean.linetype = 'dashed', # 均值线型
mean.show.guides = TRUE, # 均值显示指引线
mean.guide.size = 0.2, # 指引线大小
mean.guide.color = 'red', # 指引线颜色
ggtitle = "Boxplot of tooth length by dose") + # 图形标题
theme_classic(base_size = 14) # 图形样式
执行上述代码后，可以获得如下的箱线图结果：
四、总结
通过本文的介绍和实例，我们可以了解到ggboxplot在R语言中的使用方法。ggboxplot主要用于展示因变量$Y$和自变量$X$的关系，绘制不同分组或分类下$Y$的分布情况，并且可以更加美观地呈现数据。除了基础ggboxplot，ggboxplot还可以通过添加显著性标记和调整箱线图风格来定制评论图。在使用ggboxplot的过程中，我们需要灵活运用各种参数来调整自定义图形。最终，ggboxplot成为R语言数据可视化中不可或缺的一部分。
